Maggiore problema morale, sempre nel campo dell'ingegneria genetica, è costituito dall'eugenetica, ossia l'insieme delle teorie delle pratiche miranti a migliorare la qualità genetica della popolazione umana. Molte delle preoccupazioni etiche e morali riguardanti l'eugenetica sorgono dal suo controverso passato, provocando una discussione su quale posto, se è il caso, dovrebbe avere in un immediato futuro.
Oggi, nell'età in cui il genoma viene progressivamente mappato, gli embrioni possono essere testati per la loro suscettibilità alle malattie, al sesso e ai difetti genetici, quindi l'eugenetica diventa un modo per una possibile predeterminazione delle caratteristiche del nascituro, mentre il feto non ancora nato, su cui vengono eseguite queste nuove procedure eugenetiche non può parlare, poiché il feto manca della voce per consentire o per esprimere una sua propria opinione.
Una critica comune rivolta all'eugenetica è che "conduce inevitabilmente a misure non etiche", anche perchè molti ritengono che ciò potrebbe portare a una discriminazione genetica e ad una violazione dei diritti umani. I tentativi di "migliorare" se stessi attraverso una tale manipolazione eliminerebbero le limitazioni che forniscono un contesto necessario per l'esperienza di una scelta umana significativa, e la vita umana apparirebbe insensata in un mondo in cui tali limitazioni potrebbero essere eliminate attraverso la tecnologia.
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